暗黑路基艾尔在引发的暗黑火花战争中用拥有让所有生物陷入时间停歇的暗黑波动将所有的奥特曼，怪兽和宇宙人变成人偶，后因突然出现的奥特曼银河导致两败俱伤，双方因能力用尽而进入沉睡状态。人偶变成流星降落到地球上这些人偶变成流星降落到地球上。随着时间流逝，被命运选择的少年礼堂光，得到了不可思议的“银河火花”。“银河火花”正是“黑暗火花”的克星。
那些变小了的怪兽和奥特战士再次被神秘的物体变回了原来巨大化的姿态。同时又突然出现了凶恶怪兽和宇宙人！巨大的黑暗力量开始涌动。
为了保护人类，小光用银河火花的力量将怪兽和奥特战士的玩偶一体化，于是新的奥特曼银河奥特曼登场了！
