地球和木连结盟后，宇宙总算恢復和平。天河明人和御统由利加终於结婚了，但是在新婚旅行中，他们因乘坐的飞机失事爆炸而遇难……然后，三年过去了。此作是机动战舰TV版放1996年放送后，於1998年分开的剧场版 The Prince of Darkness。八号殖民地「白雪公主」被人袭击了，以星野琉璃為舰长的Nadesico B被委派作出调查。但是琉璃与Nadesico 一行如何应付名為「火星的继任者」标榜著新的秩序的对手吗？ 接到求救的联合宇宙军战舰迅速赶到，但是“白雪公主”各处已经开始发生爆炸。入侵的机器人留下的唯一踪迹是玻色子跳跃前的模糊影响，而这种跳跃应该是比它大几十倍的大型战舰才能做到了，幽灵机器人的说法因此不径而走。 因为四个殖民地连续发生爆炸，地球统合军成立意外调查委员会负责调查次事，但他们不信有关机器人玻色子跳跃的事情，还把宇宙军排除在外。为此联合宇宙军自行展..
